Die Organe der De Gruyter Stiftung sind das Kuratorium und der Vorstand. Dem Kuratorium der Stiftung gehören derzeit die beiden Gesellschafter und Beiratsmitglieder des Verlages De Gruyter Dr. Georg-Martin Cram und Christoph Seils sowie der Beiratsvorsitzende Rüdiger Gebauer an. Stiftungsvorstand ist Petra Schmitt.